M1 Biodiversité, Ecologie, Evolution Magistère

BAZOT Stéphanebât362 RdC : 01 69 15 71 36, stephane.bazot@universite-paris-saclay.fr STREB Peterbât362 1er étage : 01 69 15 56 81, peter.streb@universite-paris-saclay.fr JARDILLIER Ludwig bât360 1er étage, ludwig.jardillier@universite-paris-saclay.fr BARTHES Laurebât362 1er étage : laure.barthes@universite-paris-saclay.fr DELPIERRE Nicolas bât 362 RdC nicolas.delpierre@universite-paris-saclay.fr NADOT Sophie bât360 1er étage, sophie.nadot@universite-paris-saclay.fr.

Les enseignements proposés et temps estimé par quinzaine :

(BYA)Les berges de l’Yvette et ses Aménagements Stéphane Bazot/ Celine Riauté. ½ journée (FP)Inventaire floristique et pédologie Stéphane Bazot. ½ journée (FC)Analyse de données de flux de carbone Nicolas Delpierre. ½ journée – Amenez un ordinateur portable équipé d’excel / open office si vous en possédez un. (IF) Inventaire forestier Laure Barthes+Nicolas Delpierre ½ journée (AIF) Analyse des données de l’inventaire forestier Nicolas Delpierre½ journée (LC)Dendrologie - Lectures de cernes Laure Barthes ½ journée (RS)Respiration du sol : Nicolas Delpierre 1 journée (PCS)Mesures physico-chimique des sols Stéphane Bazot : ½ journée (NS)Nitrates dans les sols Stéphane Bazot ½ journée (H)Hydrobiologie Peter Streb. 1 journée ½ (prélèvements première semaine, puis mesures 5 jours après lors de la semaine 2) (ES)Ecologie du sol Ludwig Jardillier 1 journée MOOC « Herbes Folles » Sophie Nadot.

•Réaliser le diagnostic écologique d’une zone humide du campus d’Orsay ayant fait l’objet d’une restauration écologique au printemps 2019.
•Découvrir différents domaines de l’écologie de terrain : écologie du paysage, aménagement, pédologie, hydrologie, écologie du sol, écophysiologie végétale…et d’utiliser la méthodologie associée.
•Réaliser sur le terrain et en laboratoire différents analyses permettant de comprendre le fonctionnement de l’écosystème étudié.
•Traiter les données et les présenter de manière optimale
•Intégrer l’ensemble des données obtenues et conclure quant à l’état écologique de la parcelle.

Septembre - Janvier.

ORSAY

Les cours ont lieu tous les lundi de 9h à 17h30 de début septembre à mi-novembre.

L'objectif de cette UE est de donner une formation de base en écologie évolutive, discipline largement pluridisciplinaire. L'écologie évolutive a pour but de décrire la variation que l'on peut observer dans les systèmes écologiques, de l'échelle des individus à celle des communautés biologiques, et de comprendre les mécanismes qui sont à l'origine de cette variation en considérant à la fois les influences historiques et contemporaines agissant sur cette variation. Se faisant, elle considère à la fois les résultats de travaux conduits en génétique des populations et sur les mécanismes de sélection naturelle. Par son approche intégrée des interactions entre les gènes, les individus, les populations et leur environnement, l'écologie évolutive contribue à apporter les éléments clés pour une gestion de la biodiversité.

De solides notions d'écologie et de biologie évolutive sont nécessaires. Des connaissances de la génétique des populations sont recommandées.

An Introduction to Evolutionary Ecology by Andrew Cockburn.

Septembre - Octobre - Novembre.

ORSAY

Stéphane Bazot, Claire Damesin, Nicolas Delpierre, Nathalie Frascaria, Jaleh Ghasghaie, Paul Leadley, Peter Streb.

Cette UE a lieu tous les mercredi entre septembre et mi novembre.

Cette UE a pour objectif de former les étudiants aussi bien pour la recherche que pour une insertion rapide dans le monde professionnel dans les domaines concernant l’étude du contrôle des cycles biogéochimiques par les êtres vivants, les effets de l’environnement sur les êtres vivants ou encore l’ingénierie écologique.
Plan des enseignements et intitulés :

Stéphane Bazot : « Ecologie du système plante-sol »
Claire Damesin : « Cycle du carbone (échelle globale et écosystème) »
Nicolas Delpierre : « Bilans de carbone régionaux : inventaire et tendances récentes »
Nathalie Frascaria : « Introduction à l'ingénierie écologique »
Jaleh Ghasghaie : « Mécanismes de résistances à la sécheresse » et « utilisation des isotopes stables en écophysiologie »
Paul Leadley : « Effets de l’homme sur les cycles biogéochimiques (C, N, P) »
Peter Streb : « Ecophysiologie des Plantes Alpines ».

Septembre - Octobre - Novembre.

ORSAY

Kamel Soudani Nicolas Delpierre Marc Girondot Paul Leadley.

Cycle de 6 cours sous formes de conférences : - Modélisation, démarche de modélisation et différents types de modèles - Modèles en écologie et évolution - Modèles en dynamique des populations - Modèles de fonctionnement écophysiologique des écosystèmes - Validation de modèle –Test sur des données d’observation, Analyse de sensibilité, Intervalle de confiance des paramètres par inversion de matrice de variance-covariance ou par MCMC avec l’algorithme de Metropolis-Hastings. - Modèles empiriques vs Modèles Mécanistes : forces et faiblesses

Cours/Travaux dirigés : Initiation au langage de programmation (TD info) Exemple de programmation d'un automate cellulaire (jeu de la vie) sous Scilab Équations différentielles et résolutions sous Silab

Projets encadrés par binôme Réalisation d’un modèle en biologie des populations et des écosystèmes.

- Formaliser les processus biologiques par l’intermédiaire de différentes approches de modélisation mécaniste, statistique et théorique.
- Acquérir plus généralement des compétences dans le domaine de la modélisation.

Connaissances de base en mathématiques et statistiques.

Documents de cours et de TD disponibles sur : https://www.ese.u-psud.fr/personnel/kamel-soudani/.

Septembre - Octobre - Novembre.

ORSAY

Christine Dillmann, Elodie Marchadier, Sébastien Ollier, Antoine Branca, Domenica Manicacci.

Cette UE est composée de 8 séances de cours présentant les bases de la statistique, l'analyse multivariée (composante principale, discriminante), le principe des tests d'hypothèses, la comparaison de distributions de variables qualitatives (tests du Chi-deux), la comparaison de moyennes (tests de Student, ANOVA à un et deux facteurs) et le modèle linéaire (régressions simple et multiple, ANCOVA). Sept séances de TP en salle informatique permettront d’illustrer chacun des cours en utilisant des jeux de données biologiques. Ces TP permettront aux étudiants de se familiariser avec le logiciel R pour lequel des scripts correspondant à chacune des analyses leur seront fournis. Ils apprendront à interpréter les sorties numériques et graphiques fournies par le logiciel R.

OAV1. Ecrire le modèle statistique approprié à l’analyse d’une question biologique donnée et vérifier graphiquement les hypothèses sous-jacentes au modèle posé (normalité, homoscédasticité…).
OAV2. Choisir l’analyse statistique correspondant au modèle statistique posé parmi l’ensemble des méthodes vues en cours et dérouler les étapes de l’analyse (tests gaussiens, tests du khi2, corrélation, ACP, anova 1 et 2, régression linéaires simples et multiples, ancova)
OAV3. Interpréter les sorties de R pour les fonctions vues en cours
OAV4. Réutiliser un script R pour l’appliquer à un nouveau jeu de données standard en écologie
OAV5. Interpreter biologiquement les résultats statistiques
OAV6. Choisir les représentations graphiques pour illustrer un résultat

NB : Cette UE est conçue pédagogiquement en association avec l’UE bio-statistiques du second semestre. La manipulation des données par les étudiants y sera limitée. De ce fait, les étudiants ne parviendront à une bonne appropriation des concepts et à une autonomie dans leurs analyses qu’à l’issue de cette seconde UE.

Pas de pré-requis.

Un polycopié “biostatistiques” est fourni aux étudiants.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre.

ORSAY

V. Daux, B. Gabrielle, M.-J. Méric, les responsables des mentions impliquées par cette UE.

L’évaluation de l’UE comporte un examen final sous la forme d’un rapport dont le thème est tiré au sort pour chaque étudiant dans la liste des conférences de l’année. Le rapport est constitué du résumé de la conférence et d’une discussion à développer à partir d’une question proposée par l’animateur de la conférence. Le format est imposé. Il n’y a pas de rattrapage et cette UE n’est pas compensable. Dix conférences-débats sont programmées. La conférence et le débat durent chacun 45 minutes. Les thématiques abordées balaient différentes thématiques propres aux Ecoles Graduées concernées. La programmation change d’une année à l’autre. Un animateur, choisi parmi les responsables des mentions des Ecoles Graduées, invite un conférencier parmi les enseignants-chercheurs et les chercheurs de l’Université Paris-Saclay ou un conférencier extérieur. Il anime la conférence, propose une question de réflexion pour l’examen final et assure la correction des devoirs portant sur cette conférence.

Cette unité d’enseignement de 3 ECTS est une UE d’ouverture dans le domaine de l’environnement qui a pour objectif de faire découvrir aux étudiants des concepts et des approches différentes de ceux qui sont enseignés dans leur filière. Elle fait partie d’un ensemble d’UE appelé Espace Pédagogique Commun sur l’Environnement, accessible depuis plusieurs masters de l’université Paris Saclay.

A l’issue de cette unité d’enseignement, les étudiant(e)s seront capables :
• D’identifier les grands enjeux environnementaux
• D’utiliser un vocabulaire et des références dans le domaine de l’environnement dans des disciplines connexes à celles enseignées dans leur filière
• De discuter des interactions entre biodiversité, alimentation, agriculture, société et environnement.

Aucun pré-requis: cette UE est accessible à tout étudiant de master de l’université Paris Saclay.

Variable d’une année à l’autre en fonction des conférences. Des sources bibliographiques seront précisées lors des conférences.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre.

ORSAY

L’enseignement se répartit entre des cours ou conférences et des sorties sur le terrain sur le campus universitaire d’Orsay. Durant les sorties, les étudiants sont familiarisés avec les techniques classiques d’analyse de la biodiversité, telles que la mise en place d’un protocole d’échantillonnage, le relevé floristique, le calcul d’indices de diversité. Une visite des serres du jardin des plantes est prévue dans le programme.

Il s’agit d’offrir un enseignement de botanique théorique et appliquée, permettant aux étudiants de consolider et d’approfondir les bases de systématique botanique et évolutive acquises en Licence. Les relations mutualistes entre les plantes et d’autres organismes (tels que les mycorhizes ou la pollinisation) sont abordées.
A l’issue de cette UE, les étudiants possèdent les compétences nécessaires pour être opérationnels sur le terrain dans le cadre d’expertises botaniques.
Thématiques abordées :
- Diversité des Embryophytes basales et rôle des fougères dans les écosystèmes
- Diversité et évolution des plantes à fleurs. Caractéristiques des principaux groupes
- Hotspots de biodiversité floristique. Quels moteurs pour la spéciation ? Le cas des Proteaceae.
- Les plantes dans leur écosystème : interactions avec les autres organismes (symbioses et parasitimes)
- Les plantes au service de l’homme : introduction à l’ethnobotanique
- Notions d’inventaire floristique.

Avril - Mai.

ORSAY - PARIS

L'unité d'enseignement comporte une semaine de cours à Orsay et une semaine de stage sur le terrain à Roscoff. Sur le terrain, chaque jour, une récolte des échantillons pendant la marée basse est organisée. Le matériel récolté est ramené en salle de TP pour être trié, observé et identifié. La station de Roscoff est équipée de loupes binoculaires, de microscopes et d'aquarium d'eau de mer permettant des observations poussées du matériel récolté. Le travail de la journée se prolonge le soir et donne lieu à un compte rendu de marée. Une marée est consacrée à la réalisation d'une expérimentation en autonomie. Les frais de transport, d'hébergement et de nourriture sont pris en partie en charge par l'Université. Une participation financière de 16 euros /nuit et par personne est demandée, soit 80 euros pour le stage. Les boursiers ne paient pas.

Premier objectif, fournir une formation naturaliste permettant l'identification sur le terrain des espèces végétales et animales communes du bord de mer. Deuxième objectif, faire comprendre comment la physiologie des organismes, leurs interactions avec le milieu et leur relation avec les autres organismes se combinent pour expliquer la répartition des espèces. La formation apporte une connaissance théorique de l'écologie et de la biologie des espèces en s'appuyant sur des exemples concrets étudiés sur le terrain. Différents milieux côtiers (rocheux, sableux, vaseux) sont étudiés in situ.
Plan des enseignements : Biologie, classification et adaptations des algues. Biologie et écologie animale : classification et adaptation de la faune marine ; facteurs de répartition. Connaissance des milieux : Slikke et Schorre ; Abysses ; écosystèmes côtiers tropicaux, les marées.

Pas de pré-requis particuliers autres que ceux de la licence de biologie des organismes et écologie. Une révision de la classification des métazoaires est vivement conseillée avant de débuter l'UE.

Des guides sur le terrain seront utilisés : -Le " Guide des bords de mer : Mer du Nord, Manche, Atlantique, Méditerranée " de Peter Josep HAYWARD, éditions Delachaux et Niestlé. -Le " Guide des algues des mers d'Europe " de Jacqueline Cabioc'h, Jean-Yves Floc'h , Alain Le Toquin, et al., éditions Delachaux. -Le " Guide ornitho " de Lars Svensson, éditions Delachaux.

Mars - Avril.

La première semaine est constituée de cours et TD. La deuxième semaine se déroule au sein d'espace protégés (stage de 4 jours) sous la forme d'ateliers, de visite et de conférences de gestionnaires.

Les objectifs de cette UE sont de permettre aux étudiants de mobiliser les connaissances théoriques acquises dans l'ensemble de leurs enseignements, notamment en écologie, afin de se placer dans le cadre d'applications à la conservation de la biodiversité vu aussi bien au niveau des espèces que des espaces menacés. Il s'agit ici d'une UE introductive ou la relation science – gestion sera mise en avant au travers notamment d'ateliers de terrain en espace protégé.
Plan des enseignements :
* Présentation de la biodiversité et des menaces qui pèsent sur elle (gradients de biodiversité, grandes crises d'extinction passées et actuelles etc)
* Présentation des grands organismes nationaux et internationaux actifs en conservation et des outils utilisés (listes rouges, UICN)
* Définition mise en place des espaces protégés (parc régionaux, nationaux, réserves : objectifs, organisation, mode de gestion...)
* Introduction aux analyses de viabilité et à l'écologie de la restauration
* Stage de terrain dans un espace protégé (Forêt d'Orient ou Grands Causses) et interventions de gestionnaires de ces espaces.

Ecologie des Populations, niveau Licence Génétique des Populations, niveau Licence.

Biologie de la conservation de R. PRIMACK, F. SARRAZIN et J. LECOMTE Ecologie et Biodiversité de D. COUVET & A. TEYSSEDRE-COUVET An Introduction of Conservation Biology de A. SHER et R. PRIMACK A primer of Conservation Biology de R. PRIMACK Principles of Conservation Biology de K. MEFFE et C. CAROLL.

Mai.

Plan des enseignements :

* Introduction aux changements globaux : changement climatique, modification de l’usage des terres, érosion de la biodiversité (9 h).

* Les grands cycles biogéochimiques et leur perturbation par les activités humaines : carbone, azote, phosphore, eau, ozone (9 h).

* La prévision de l’impact des changements climatiques sur la distribution des biomes et leur fonctionnement biogéochimique (6h).

* Le cycle des nutriments dans les écosystèmes terrestres (9 h).

* Le cycle des nutriments dans les écosystèmes aquatiques (9 h).

* Impact de l’agriculture et de la sylviculture sur les cycles biogéochmiques (6h)

* Diversité biologique et devenir des contaminants dans les sols et dans les eaux (9h).

Cette UE a pour objectif de montrer l’interdépendance qui existe entre les cycles biogéochimiques et la biodiversité abordés aux échelles du globe et de l’écosystème. On mettra un accent particulier sur la dimension temporelle de ces interactions : fluctuations climatiques, fluctuations de la chimie de l’atmosphère, variation spatiale des grands biomes au cours du Quaternaire d’une part ; successions des écosystèmes et des types de cycles biogéochimiques, réponses des écosystèmes aux perturbations climatiques et anthropiques d’autre part. L’UE abordera également les résultats récents de la recherche sur la valeur fonctionnelle de la biodiversité et sur l’impact des espèces clés sur les cycles biogéochimiques.

Mars.

PARIS

Stéphane Bazot, Claire Damesin, Ludwig Jardillier.

La première semaine est consacrée à la recherche bibliographique sur les sujets traités, et la préparation du matériel et du rapport. La semaine est également ponctuée de différents cours autour des thématiques abordées sur le terrain : Ecosystèmes aquatiques + IBGN/I2M2 + Cytométrie en flux, Ecologie du paysage, les forets bretonnes / les insectes sociaux, les stratégies d’apprentissage + Comment rédiger un rapport La seconde semaine est consacrée au travail de terrain dans et aux alentours de la Station Biologique de Paimpont (Rennes I, https://station-biologique-paimpont.univ-rennes1.fr/ ), dans la forêt de Brocéliande.

Réaliser un projet scientifique de sa conception théorique à sa réalisation pratique, incluant l’analyse et interprétation des données, et rédaction d’un rapport. Les étudiants devront ainsi mobiliser des connaissances théoriques dans le cadre d’un projet de terrain en temps limité. Le site de Paimpont offre en un seul lieu une grande diversité de milieux terrestres et aquatiques et permet de réaliser des études en intégrant différentes méthodes de mesures employées en écologie, de les appliquer sur le terrain et de lire la bibliographie associée. L’immersion et le travail en groupe sont des composantes essentielles à la réalisation du projet et font partie des objectifs du module. Enfin, ce stage permet de découvrir les particularités des écosystèmes locaux (landes, forêt, rivières, mares, étangs, agrosystèmes…).

Avril.

Jane Lecomte, professeur, université paris sud Emmanuelle Baudry, professeur, université paris sud, Alexandre Robert, maitre de conférences, museum national d'histoire naturelle Romain Lorrilière, contractuelle, museum national d'histoire naturelle Moi-Même, Elsa Bonnaud, maitre de conférences, université paris sud.

Cette UE se déroule sur 2 semaines au début du mois de décembre. Les étudiants ont cours tous les jours mais du temps est dégagé (4 demi-journées) pour qu'ils puissent travailler sur leur projet. Cette UE se décline en 4 cours magistraux, 7 TDs, 1 TP, et 3 conférences de conférenciers invités. En parallèle les étudiants travaillent sur leur projet (recherche bibliographique), qu'ils présentent en binôme à l'ensemble de la classe sous forme d'un diporama de 20 minutes avec également 20 minutes de questions. Cette présentation compte pour 1/2 de leur note finale de cette UE.

L'objectif principal est de donner des connaissances complémentaires, suite aux cursus de licence de biologie des organismes ou assimilé, en dynamique de populations animales et en gestion de ces mêmes populations. Les étudiants apprennent lors de cette UE à connaitre les différents paramètres démographiques nécessaires à la construction de modèles mathématiques de dynamique de populations. Puis ils construisent par eux-memes des modèles de bases, modèles déterministes et stoechastiques, ce qui leur permet de produire des trajectoires de dynamique de populations afin de mieux comprendre l'évolution de ces dynamiques dans le temps (populations en croissance ou en décroissance etc.). La construction de ces modèles et l'obtention de ces trajectoires de dynamique de populations donne ensuite des informations cruciales aux gestionnaires qui peuvent ensuite prendre des décisions de gestions afin d'agir ou non sur ces dynamiques de populations (populations à renforcer ou à contrôler).
En parallèle de ces enseignements, les étudiants ont un projet à mener (recherche bibliographique) pour relater et critiquer une opération de limitation, de conservation ou de restauration d'une population d’une espèce, d'une communauté ou d'un écosystème en prenant en compte des études basées sur des paramètres démographiques. Ce projet est rendu sous forme d'un diaporama présenté à tous le dernier jour de cette UE.

Des connaissance sont nécessaires en mathématiques (équations différentielles et modèles matriciels), même si ces notions sont revues lors des 1ers TDs. Egalement des connaissance sur le fonctionnement des écosystèmes, les interactions biotiques avec un focus sur les interactions principalement abordées dans cette UE: prédation et compétition. Il est également nécessaire de connaitre les notions d'évolution temporelle des populations, de systèmes dynamiques et des connaissance de base en fonctionnement des méta-populations.

Décembre.

ORSAY

Jean-Christophe Lata, Stéphane Bazot, Augusto Zanella, Xavier Raynaud, Sébastien Barot.

La premiere semaine est une semaine de cours autour de l'écologie des sols. Lors de la seconde semaine du module, une mise en pratique sera réalisée sur le terrain à Fontainebleau, sur la butte Montceau, où seront intégrés végétation, types d’humus, types de sols, profils pédologiques, faune du sol et physico-chimie.

Ce module décrit l’écologie des sols comme une science en pleine expansion, liée entre autres aux difficultés méthodologiques inhérentes à l’extrême hétérogénéité de ce milieu. Pourtant son rôle est crucial dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes. Ce module se propose d’aborder les interrelations entre biotope et biocénose à la lumière des méthodologies récentes (moléculaires, traçages, modélisation, …) pour aborder la boîte noire qu’est le sol.

Avril.

Plan des enseignements : Diversité et dynamique des groupements végétaux fossiles et actuels (forêts, savanes, mangroves, prairies, tourbières…) Notion de successions végétales (dans le temps et l’espace) Histoire et diversité des adaptations écologiques chez les plantes (halophytisme, hydrophilie, épiphytisme, lianescence, carnivorie, parasitisme, myco-hétérotrophie…) Méthodes de télédétection et cartographie végétale Notions de phytogéographie et phytosociologie Excursion Terrain Visite serre.

Les groupements végétaux terrestres façonnent et ont façonné les paysages de la terre depuis le Paléozoïque et leur influence (réciproque) sur l’évolution des faunes terrestres n’est plus à démontrer. En dehors des déserts hyper-arides, les nombreux et divers biomes terrestres sont caractérisés par des associations végétales particulières et la (co)-existence des espèces dans les divers milieux repose pour une bonne part sur des adaptations dites écologiques parfois fortes (la plante ne peut « échapper » à son milieu). Cette UE se propose de décrire les différents groupements végétaux de la terre en insistant plus particulièrement sur certains milieux extrêmes ou marginaux (comme les mangroves, les tourbières, les milieux semi-arides à arides…) supposant souvent des spécialisations ou adaptations particulières chez les plantes. Le groupement végétal sera donc abordé sous un angle non seulement descriptif mais aussi via la dynamique de sa diversité (colonisation, compétition et co-existence infra et inter-spécifique, mutualismes et/ou parasitisme, relation entre productivité et diversité, évolution des stades de pionniers à « climaciques », formations secondaires, anthropisation…) et des adaptations des plantes qui le constituent.

Mars - Avril.

PARIS

Kamel Soudani Paul Leadley.

Cours : I- Base de données sous SIG - Organisation des données cartographiques et attributaires dans un SIG. - Différents modes de représentation des données spatiales. - Corrections géométriques et géoréférencement des données cartographiques. - Création et gestion d’une base de données SIG. II- Initiation à l’Analyse spatiale - Echantillonnage des données spatiales - Statistiques de l’organisation spatiale d’une variable - Méthodes de spatialisation de données (Méthodes à base des distances pondérées, variogramme et krigeage). Travaux dirigés sous ArcGIS (ESRI- www.esri.com ) - Initiation aux SIG sous ArcGIS : création d’une base de données cartographiques relatives à l’occupation du sol (Exemple : Campus d'ORSAY) - Spatialisation de données sous Spatial Analyst : création d’un modèle numérique de terrain ou d’une autre variable régionalisée. - Initiation à la programmation sous ArcGIS Projet dirigé - Création d’un SIG sous ARCGIS pour répondre à une question écologique.

- Acquérir des connaissances de base sur le mode d’organisation, la création, la gestion et l’analyse d’une base de données à références spatiales (Systèmes d’Informations Géographiques).
- Maîtriser les méthodes et les outils d’analyse de l’information s.

Connaissances en statistiques et la manipulation des outils informatiques.

Documents de cours et de TD disponibles sur : https://www.ese.u-psud.fr/personnel/kamel-soudani/.

Mars.

ORSAY

Antoine Branca, Christine Dillmann, Domenica Manicacci, Elodie Marchadier, Sébastien Ollier.

Cette UE est constituée de 30 heures de TP. Les deux premières séances permettront de revoir les concepts présentés dans l’UE statistiques du premier semestre (analyse en composante principale, comparaison de distributions et de moyennes, régression linéaire et multiple, ANCOVA) et leur mise en oeuvre sous R. Lors des séances suivantes, les étudiants travailleront en binôme ou en trinôme à l’analyse d’un jeu de données réel. Les étudiants devront choisir deux ou trois questions biologiques pouvant être traitées avec le jeu de données et mettre en œuvre les méthodes statistiques adéquates pour y répondre et les interpréter.

OAV1. Comprendre la structure d’un jeu de données et identifier les questions biologiques auxquelles il permet de répondre.
OAV2. Choisir l’analyse statistique permettant de répondre à une question biologique, en vérifiant notamment les conditions d’application de l’analyse choisie
OAV3. Mettre en oeuvre les analyses statistiques sous R
OAV4. Interpréter biologiquement et avoir un regard critique sur les résultats statistiques
OAV5.Travailler à la réalisation d’un mini-projet en binome ou trinome
OAV6. Communiquer ses résultats à l’oral et à l’écrit via une description claire des outils statistiques, de leur interprétation et des représentations graphiques appropriées.

Acquis de l’UE biostatistiques du premier semestre : bases théoriques et de programmation en R nécessaires à l’analyse d’un jeu de données standard en écologie.

Un polycopié “biostatistiques” est fourni aux étudiants.

Janvier.

ORSAY

English level test : beginning of September. 8 weeks of 3 hour classes and self study work online the WIMS platform : mid September- end of October exam: mid November Mock exam for language certification: end of November Listening to oral presentations by students participating in the intercultural communication program: mid January Language certification (English): mid January

Intercultural communication program: beginning of September: selection of participants based on language level Introduction to intercultural communication Mid October- mid December: 8 weeks of web conferencing (2hours a week) Introduction to oral presentations mid January:Oral presentations by students participating in the intercultural communication program Language certification (English).

The course provides an introduction to both oral and written scientific communication.It focuses on writing scientific abstracts / papers, describing experiments and results of studies, interacting with a public composed of researchers.Students present a fictive piece of research in a simulated scientific conference and by writing an abstract.
The course also prepares students to pass an internationally recognised language certification in English.(Linguaskill - Cambridge University)
Students with a high level in English participate in an intercultural communication program using web 2.0 tools.They participate in 2 hour long web conferences with students from universities worldwide.

Pre-intermediate level in English (B1) . Upper intermediate level in English (B2) for the intercultural communication program.

Intercultural communication program:https://www.soliya.net Self study work online: https://wims.di.u-psud.fr/wims/.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

ORSAY

Jane Lecomte Marielle Saunois Référents scientifiques et membres du jury de projet qui sont choisis en fonction des sujets.

Le sujet de projet est choisi dans une liste ou proposé par le groupe d'étudiants. La plupart des sujets proposés étant très généraux, les étudiants peuvent recentrer le sujet sur un point particulier de la thématique générale choisie. Ce centrage fait parti du travail à mener pendant le projet. Les étudiants doivent s'organiser dans le groupe pour travailler collectivement et si possible régulièrement pendant l'année universitaire afin d'être prêt pour l'évaluation. Ils doivent envoyer le plan de leur présentation et la liste des références bibliographiques qui ont été utilisées pour le travail à un référent scientifique. Le travail est rendu sous forme d'une présentation ppt qui servira de support à un exposé de 15 minutes de chaque groupe devant un jury qui posera alors des questions (10 minutes). Tous les membres du groupe doivent participer à la soutenance organisée début mars. La note finale tient compte de la présentation orale, de la pertinence de la recherche bibliographique et des réponses apportées aux questions.

Scientifique.

Aucun pré-requis sinon les connaissances de sa discipline d'origine niveau grade de Licence.

La recherche de sources documentaires est un des objectifs de cette UE.

Octobre - Novembre - Décembre - Janvier - Février - Mars.

ORSAY

Les étudiants travaillent en groupe et réalise un projet commun correspondant aux attentes des acteurs locaux. Ils rédigent un rapport et effectuent une présentation orale.

Cette UE a pour objectif d'associer étudient et acteurs locaux autour de projet relatif à la biodiversité, la gestion du territoire environnant le plateau de Saclay. Cette UE est réalisée en association avec Terre et Cité. Terre et Cité rassemble agriculteurs, collectivités, associations, entreprises, instituts de recherche et d’enseignement et particuliers pour la valorisation de l’agriculture sur le territoire de Saclay.

Novembre - Décembre - Janvier - Février - Mars.

ORSAY

Les étudiants doivent effectuer un stage de 2 mois en laboratoire de recherche. Le travail sera présenté dans un rapport écrit et lors d'une présentation orale.

Février - Mars - Avril - Mai.

ORSAY