Metagenopolis (MGP)
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TutellesINRAE, Université Paris-Saclay
Présentation du laboratoire
Le centre MetaGenoPolis (MGP) étudie l'impact de l'alimentation sur le microbiote intestinal (humain et animal), et l'impact de ce dernier sur la santé et la maladie. Il met à disposition de la communauté médicale, de la recherche et de l'industrie les dernières avancées sur la connaissance de ce microbiote grâce à sa grande expertise en métagénomique quantitative et fonctionnelle. MGP a développé de nombreuses autres expertises notamment dans la standardisation des procedures certifiée par un label ISO9001. Cette approche intégrée est construite sur les connaissances établies par le projet Européen MetaHIT, publiées notamment dans le journal Nature (establishment of a broad gene catalogue of the human intestinal metagenome et discovery of the three human enterotypes), ainsi que la caractérisation du microbiote intestinal pour deux maladies chroniques (obésité et maladie inflammatoire des intestins) et les premiers criblages haut-débit de banques métagénomiques en vue d'une analyse fonctionnelle. Les principaux domaines de recherche de MetaGenoPolis sont la nutrition et le domaine médical. Actuellement, MGP travaille sur 16 projets : 12 projets industriels et 4 projets européens.
Les 20 dernières publications
Titre | Auteurs | Date de publication | Source |
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Fusobacterium nucleatum promotes inflammatory and anti-apoptotic responses in colorectal cancer cells via ADP-heptose release and ALPK1/TIFA axis activation | Joël Doré, Hervé M. Blottière | 01/01/2024 | Gut Microbes |
Evidence of a causal and modifiable relationship between kidney function and circulating trimethylamine N-oxide | Emmanuelle Le Chatelier, Magali Berland, Hervé M. Blottière, Angélique Doré, Sébastien Fromentin, Nicolas Pons, Hanna Julienne, Véronique Léjard, Florence Levenez, Robin Massey, Nicolas Maziers, Laetitia Pasero Le Pavin, Thierry Vanduyvenboden | 01/12/2023 | Nature Communications |
Multicenter evaluation of gut microbiome profiling by next-generation sequencing reveals major biases in partial-length metabarcoding approach | Hugo Roume, Joël Doré | 01/12/2023 | Scientific Reports |
The bacterial species profiles of the lingual and salivary microbiota differ with basic tastes sensitivity in human | Sébastien Fromentin, Christian Morabito, Benoît Quinquis, Nicolas Pons, Hervé M. Blottière | 01/12/2023 | Scientific Reports |
The gut microbiota in multiple sclerosis varies with disease activity | Florence Thirion, Nicolas Pons, Florence Levenez, Benoît Quinquis, Stanislav Dusko Ehrlich | 01/12/2023 | Genome Medicine |
An Insight into Functional Metagenomics: A High-Throughput Approach to Decipher Food–Microbiota–Host Interactions in the Human Gut | Elliot Mathieu, Véronique Léjard, Chaima Ezzine, Pauline Govindin, Aurélien Morat, Margot Giat, Joël Doré, Hervé M. Blottière | 01/12/2023 | International Journal of Molecular Sciences |
Evaluation of an Adapted Semi-Automated DNA Extraction for Human Salivary Shotgun Metagenomics | Victoria Meslier, Aymeric David, Christian Morabito, Alexandre Famechon, Benoît Quinquis, Mathieu Almeida | 01/10/2023 | Biomolecules |
Adlercreutzia equolifaciens Is an Anti-Inflammatory Commensal Bacterium with Decreased Abundance in Gut Microbiota of Patients with Metabolic Liver Disease | Florian Plaza Oñate, Joël Doré, Hervé M. Blottière | 01/08/2023 | International Journal of Molecular Sciences |
A microbiota-modulated checkpoint directs immunosuppressive intestinal T cells into cancers | Giacomo Vitali, Nathalie Galleron, Benoît Quinquis, Emmanuelle Le Chatelier | 09/06/2023 | Science |
Oral and periodontal assessment at the first trimester of pregnancy: The PERISCOPE longitudinal study | Camille Champion | 01/06/2023 | Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica |
In vitro modelling of oral microbial invasion in the human colon | Victoria Meslier, Aymeric David, Sarah Jegou, Christian Morabito, Benoît Quinquis, Florence Thirion, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Stanislav Dusko Ehrlich, Mathieu Almeida | 01/03/2023 | Microbiology spectrum |
Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies | Joël Doré | 26/01/2023 | Nature |
Both Disease Activity and HLA–B27 Status Are Associated With Gut Microbiome Dysbiosis in Spondyloarthritis Patients | Magali Berland, Victoria Meslier, Samar Berreira Ibraim, Emmanuelle Le Chatelier, Nicolas Pons, Nicolas Maziers, Florence Thirion, Franck Gauthier, Florian Plaza Oñate, Florence Levenez, Nathalie Galleron, Benoît Quinquis, Stanislav Dusko Ehrlich | 01/01/2023 | Arthritis and Rheumatology |
Identification of a muropeptide precursor transporter from gut microbiota and its role in preventing intestinal inflammation | Joël Doré, Hervé M. Blottière | 01/01/2023 | Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |
Unveiling Candida albicans intestinal carriage in healthy volunteers: the role of micro- and mycobiota, diet, host genetics and immune response | Emmanuelle Le Chatelier | 01/01/2023 | Gut Microbes |
Single-Donor and Pooling Strategies for Fecal Microbiota Transfer Product Preparation in Ulcerative Colitis: Systematic Review and Meta-Analysis | Joël Doré | 01/01/2023 | Clinical and Translational Gastroenterology |
A toolbox of machine learning software to support microbiome analysis | Magali Berland | 01/01/2023 | Frontiers in Microbiology |
Overview of data preprocessing for machine learning applications in human microbiome research | Magali Berland | 01/01/2023 | Frontiers in Microbiology |
Advancing microbiome research with machine learning: key findings from the ML4Microbiome COST action | Magali Berland | 01/01/2023 | Frontiers in Microbiology |
Machine learning approaches in microbiome research: challenges and best practices | Stéphane Béreux, Giacomo Vitali, Magali Berland | 01/01/2023 | Frontiers in Microbiology |
Nombre de publications du laboratoire par domaine scientifique (2016-2021)
Chaque publication du laboratoire peut être rangée dans une ou plusieurs disciplines scientifiques : la figure ci-dessus présente le nombre de publications du laboratoire pour chaque discipline de la classification ASJC (Elsevier)