18ème Rendez-Vous BioAnalyse de Paris Saclay: Cédric Messaoudi :
MIC-MAQ un plugin Fiji pour la microscopie à fluorescence à haut contenu

http://www.nature.comrs, étudiants, enseignants, que vous soyez rattachés à une entité publique, à une entreprise (grand groupe, PME, StartUp) ou à une association, venez partager et échanger de manière conviviale autour d’une présentation scientifique dans le domaine de l’analyse des résultats expérimentaux en biologie.
Que vous soyez biologiste, bioanalyste, bioinformaticien, statisticien, spécialiste du machine learning, mathématicien, physicien, etc, n'hésitez pas à venir échanger, l'interdisciplinarité est toujours un atout.
Pour s'inscrire : https://www.meetup.com/fr-FR/groupe-meetup-paris-saclay-bioanalyse/. Si vous ne connaissez pas Meetup, suivez ce lien qui vous aidera.

Ce jeudi 15 juinde 12h30 à 14h30, Cédric Messaoudi, du centre d'imagerie multimodale de CurieCoreTech, illustrera autour de la présentation d'un plugin de Fiji, comment il pour répond aux besoins de traitements et d’analyses des images provenant des utilisateurs de l’Institut Curie à Orsay:
L'analyse par microscopie à immunofluorescence est largement utilisée pour surveiller divers processus cellulaires et en particulier la réponse aux dommages de l'ADN. Nous présentons ici un plugin Fiji développé au Centre d'imagerie multimodale (UAR2016/US43), appelé MIC-MAQ (Microscopy Images of Cells-Multi Analysis and Quantifications), qui permet d'analyser des images de microscopie à fluorescence à haut-débit. Ce plugin est conçu pour segmenter automatiquement les noyaux et/ou les cellules en utilisant des approches d'apprentissage profond (Cellpose [1]), il effectue ensuite des mesures sur tous les canaux disponibles pour chaque compartiment cellulaire individuel détecté : noyau, cellule et cytoplasme (lorsque les deux canaux noyaux et cellules sont fournis). En plus des mesures basées sur l'intensité des pixels et la morphologie de l'objet, la détection des foci/spots est possible.
MIC-MAQ est appliqué dans l'exemple d'une approche de cytométrie quantitative multivariée basée sur l'image (QIBC) [2]. Cette expérience détermine le stade du cycle cellulaire pour chaque cellule d'une grande population à croissance asynchrone. En parallèle, l'intensité du signal nucléaire et le comptage des foyers de protéines nucléaires d'une protéine d'intérêt sont mesurés. Le protocole QIBC a été développé sur des cellules OS U-2. Les cellules ont été immunomarquées pour les protéines nucléaires, la synthèse de novo de l'ADN en phase S a été détectée par marquage à l'EdU et une coloration de l'ADN au DAPI a été réalisée. Les images ont été acquises automatiquement à l'aide d'un microscope à large champ. MIC-MAQ est ensuite utilisé pour extraire les mesures des noyaux et des exemples de visualisation de données multiparamétriques seront présentés.

References
[1] Stringer, Carsen, et al. « Cellpose: A Generalist Algorithm for Cellular Segmentation ». Nature Methods, vol. 18, no 1, 1, janvier 2021, p. 100‑06. www.nature.com, https://doi.org/10.1038/s41592-020-01018-x.
[2] Roukos, Vassilis, et al. « Cell Cycle Staging of Individual Cells by Fluorescence Microscopy ». Nature Protocols, vol. 10, no 2, février 2015, p. 334‑48. www.nature.com, https://doi.org/10.1038/nprot.2015.016.
Pour la première fois, le Rendez-Vous BioAnalyse aura lieu dans les locaux de Télécom Paris, que nousremercions de nous accueillir.
En juin 2021, ISOFT, PME du territoire Paris-Saclay, et l’Université Paris-Saclay se sont associées pour organiser ces Rendez-Vous mensuels sur le thème de la bioanalyse, ouverts à toutes et tous, libres d’accès, dans le but qu’en nous connaissant mieux, nous participions à rendre vivante la science pratiquée sur le plateau : sur un thème à chaque fois différent en bioanalyse, la courte présentation scientifique qui initie chaque Rendez-Vous déclenche des échanges entre pairs prolongés d’un déjeuner frugal réunissant toutes les personnes intéressées et disponibles ce jour-là : académiques, entreprises, étudiants, etc.

Les échanges y sont ouverts et portent sur des sujets très variés. Ils restent à un niveau pré-compétitif et non commercial, sans échanges d’informations propriétaires ni promotions de produits ou solutions. Les créneaux choisis (en général, les 3èmes jeudis du mois entre 12h30 et 14h30) sont faits pour limiter les contraintes d’emploi du temps professionnel : chacun vient à l’occasion discuter quand il est disponible, en toute liberté.

Les Rendez-Vous précédents, où nous avons parlé de sujets aussi variés que la Multi-Omique, le métabolome, le volatolome, les approches Single-Cell en images multiplexées ou non, les transposons, les méthodologies d'analyse ou la mise en production d'outils ciblés pour permettre aux biologistes de se focaliser sur leur métier, ou encore de l'aventure que représnete la conception d'un médicament, en partant de résultatsde recherche fondamentale jusqu'à tous les niveaux de recherche clinique nécessaires, ont été très animés et ont permis aux participants de découvrir de nouveaux interlocuteurs, de confronter leurs problématiques et même déjà de montrer comment ces rencontres ouvertes ont permis de démarrer de nouvelles collaborations! Depuis un peu moins d'un an, les Rendez-Vous BioAnalyse montrent que ce nouveau format a un fort potentiel de création de rencontres inattendues et enrichissantes, qui permettent effectivement d'envisager d’éventuelles collaborations futures, pour la satisfaction de faire avancer ensemble un sujet qui nous tient à coeur.

Nous avons généralement une visibilité de 4-6 mois pour les prochains Rendez-Vous, et le rythme d’un Rendez-Vous par mois avec 10 à 20 participants à chaque fois, est une bonne solution pour permettre de venir assez souvent, ne pas être trop nombreux, et découvrir à chaque fois de nouvelles personnes

• 12h30-13h00 : introduction et tour de table
• 13h00-13h30 : un membre présente sa problématique, ses avancées, réflexions et questions
• 13h30-14h30 : discussions sur les points présentés autour d’un repas partagé
• N’hésitez pas à nous proposer des interventions !

Inscrivez-vous sur : https://www.meetup.com/fr-FR/groupe-meetup-paris-saclay-bioanalyse/
Notre but n'est pas d'échanger sur les réseaux, les Rendez-Vous en présentiel sont essentiels pour bien nous connaître, cependant, vous pouvez accéder à des résumés (surement partiaux car rédigés rapidement par une personne) ici.

Point important : Les échanges sont libres, il n’est pas autorisé d’y faire du prosélytisme, démarchage commercial etc. de même les présentations et les échanges sont ouverts (sans revendication de propriété intellectuelle sur les propos échangés). Ce point est essentiel afin de favoriser la fertilisation des réflexions grâce à des dialogues directs et réciproques.