M2 Epidémiologie et Surveillance des Maladies Infectieuses Humaines et Animales

Capacité d'accueil

25
Langue(s) d'enseignement

Français
Régime(s) d'inscription

Formation initiale

Formation continue

Présentation

Objectifs pédagogiques de la formation

- connaître et utiliser les démarches spécifiques de l'épidémiologie des maladies infectieuses :
descriptive, incluant en particulier les spécificités méthodologiques de la surveillance ou de l'investigation d'épidémies ; analytique et évaluative, en santé humaine et animale
- aborder la question des émergences, qui dans la majorité des cas sont issues du monde animal, avec une approche de type « one health »
- utiliser les outils actuels de l'épidémiologie (informatique, biostatistique…) ;
- apprentissage de la conduite multidisciplinaire de travaux,

Pour atteindre ces objectifs :
La formation comprend un enseignement fondé sur un apprentissage des méthodes de l'épidémiologie, associé à des études de cas, réalisé par des enseignants des organismes impliqués (Universités et autres), de professionnels de la Direction générale de l'Alimentation (DGAl)), Directions Départementales de Protection des Populations (DD(cs)PP), Anses, Santé Publique France ; Le stage de 5 mois et demi a lieu dans un laboratoire effectuant de la recherche ou des travaux d’épidémiologie (INRA, ANSES, SPF, laboratoires d’hôpitaux, de la plateforme de surveillance ESA, Institut Pasteur Paris etc.)

Lieu(x) d'enseignement

MONTPELLIER

MAISONS ALFORT

Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation

M1 d'épidémiologie, santé publique, biologie-santé 5ème année de formation d'études vétérinaire Interne en santé publique Diplôme d’infirmier, de sage femme, de pharmacien , de médecin ou de vétérinaire Diplôme d'ingénieur agronome ou agricole

Compétences

Réaliser une étude épidémiologique : de la conception à l'analyse des données et à la rédaction du compte rendu.
Interpréter un travail d'épidémiologie descriptive ou analytique.
Analyser un article rapportant les résultats d'une étude d'épidémiologie.
Connaître les points clefs de la mise en place d'un systéme de surveillance et de son évaluation.
Animer un réseau de surveillance épidémiologique.

Débouchés de la formation

Débouchés Professionnels :
intégration d'une agence sanitaire comme, l'Anses , Santé publique France (et antennes en région),
plateforme d'épidémiosurveillance en santé animale,
Institut professionnel, GDS, unités d’épidémiologie de centres/ laboratoires de référence,
industrie pharmaceutique.

ou poursuite en thèse d'Université pour certains

Collaboration(s)

Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

EpiMAI : Epidémiologie des maladies infectieuse animales (ENVA)
Epi : Epidémiologie Unité Anses laboratoire de santé animale (Anses)
ASTRE Unité d'épidémiologie et maladies infectieuse du CIRAD
UMR Astre: Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (CIRAD)
Equipe de recherche HandiResp- EA447 UFR des Sciences de la vie Simone Veil (Université de Versailles St Quentin)
l'Unité de Recherche Clinique (URC) des Hôpitaux Universitaires Mondor (UPEC)
Santé publique France.

Programme

Les étudiants doivent valider toutes les UE du tronc commun plus une UE du optionnelle.

Matières	ECTS	Cours	TD
Méthodologie d'enquête en épidémiologie descriptive - UE2	4	15	25
Méthodologie d'enquête en épidémiologie descriptive - UE2 Langues d’enseignement : FR ECTS : 4 Détail du volume horaire : Cours : 15 Travaux dirigés : 25 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Pr Barbara Dufour (ENVA) Sophie Groues (Privé) Maud Marsot (Anses). Déroulement et organisation pratique : Essentiellement réalisation d'une enquête complète (en partant de la question de santé, jusqu'à la resxtitution des résultats en public. donc 80% de travaux tutorés et 20% de cours. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Formuler les buts et les objectifs d’une enquête descriptive correspondant à un besoin donné. Mettre en œuvre les différentes méthodes d’enquête descriptive. Concevoir et rédiger les différentes étapes d’un protocole d’enquête épidémiologique. Construire un questionnaire d’enquête. Mettre en œuvre les différentes modalités de recueil et de traitement des données. Appliquer les principes déontologiques nécessaires à la réalisation d’une enquête. Evaluer la qualité d’une enquête descriptive (compte rendu ou projet). Saisir les données d’une enquête informatiquement sur le logiciel de saisie EpiData . Présenter et discuter les résultats d’une enquête. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Maison Alfort
Outils et statistiques appliquées a l'épidémiologie - UE3	5	25	25
Outils et statistiques appliquées a l'épidémiologie - UE3 Langues d’enseignement : FR ECTS : 5 Détail du volume horaire : Cours : 25 Travaux dirigés : 25 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Maud Marsot (Anses), Loic Desquilbet Anses, Nadia Obadia (UPEC). Déroulement et organisation pratique : Cours et TD au premier semestre, à Maison Alfort. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : ECHANTILLONNAGE - enquête descriptive avec des sondages à plusieurs degrés. TESTS DE DEPISTAGE - évaluation d'un test diagnostique / de dépistage, avec ou sans test de référence disponible ANALYTIQUE - Quantifier et tester les associations entre la présence d’une maladie et une exposition LOGICIEL ET STATISTIQUE GENERALE - Utiliser en pratique le logiciel R pour réaliser une analyse descriptive d’un jeu de données simple, principaux tests statistiques et programmer un modèle dynamique SIR - analyse de survie, aide à la décision - approches fréquentiste et bayésienne - méthodes de standardisation et interpréter les résultats MODELISATION - notions de vraisemblance, distribution à priori, chaine de Markov, modèle dynamique en épidémiologie, modèles déterministes, stochastiques compartimental et individu centré, taux de reproduction de base R0, fonctionnement d’un modèle SIR METHODES CAPTURE-RECAPTURE ANALYSE DE RESEAUX SOCIAUX - Présenter les principes généraux de l’analyse de réseaux sociaux (SNA), l’application des SNA à l’épidémiologie, le logiciel Pajek. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Maison Alfort
Rappels en épidémiologie - UE1	3	10	20
Rappels en épidémiologie - UE1 Langues d’enseignement : FR ECTS : 3 Détail du volume horaire : Cours : 10 Travaux dirigés : 20 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Julie Rivière et Guillaume Crozet (ENVA). Déroulement et organisation pratique : Cours et TD au premier semestre, à Maison Alfort. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : TESTS DE DEPISTAGE - Utiliser les caractéristiques d’un test pour définir une stratégie d’utilisation d’un test. - Interpréter des résultats de tests dans le cadre d’une étude et estimer les prévalences réelles à partir de ces résultats. ECHANTILLONNAGE - Utiliser les différents types de sondages (aléatoires simples, stratifiés, en grappe…) en tenant compte de leurs intérêts et leurs limites. - Proposer un échantillonnage pour une enquête descriptive (estimation de prévalence ou qualification sanitaire d’une zone). COMMUNICATION - Travailler efficacement en groupe. - Participer efficacement à une réunion de travail. - Préparer un rapport, comportant figures et tableaux, répondant aux exigences minimales définies dans un - document de recommandations. - Présenter un exposé oral en utilisant de façon adéquate les supports audio-visuels, pendant une durée déterminée. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Maison Alfort
Surveillance épidémiologique et santé publique : approche One Health - UE4	3	30
Surveillance épidémiologique et santé publique : approche One Health - UE4 Langues d’enseignement : FR ECTS : 3 Détail du volume horaire : Cours : 30 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Elisabeth Delaroque Astagneau (UVSQ), Bruno Garin Bastuji (Anses), Nathalie Jourdan (SPF), S. Lehello (SHU Caen), D. Levy-Bruhl (SPV), H. Noel (SPV) A. Courcoul (DGAl), JP. Amat (Anses). Déroulement et organisation pratique : Cours au premier semestre, à Maison Alfort. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : - Présenter les stratégies et les outils de surveillance des maladies infectieuses humaines. - Caractériser différentes situations sanitaires et analyser la pertinence des différentes stratégies de lutte en fonction du contexte épidémiologique, des modes. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Octobre - Novembre - Décembre - Janvier. Lieu(x) : Maison Alfort

Matières	ECTS	Cours	TD
Analyse du risque 4 - UE8	4	20	20
Analyse du risque 4 - UE8 Langues d’enseignement : FR ECTS : 4 Détail du volume horaire : Cours : 20 Travaux dirigés : 20 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Membres du comité pédagogique notamment. Déroulement et organisation pratique : Cours et TD interactif au premier semestre, à Maison-Alfort. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Définir les principales étapes de l’analyse de risque pour une situation donnée. Choisir entre une démarche qualitative et quantitative et présenter les limites de chacune des deux approches. Conduire une analyse de risque qualitative. Présenter les modalités de gestion du risque, leurs limites et les principes généraux de la communication relative au risque. Exposer les résultats et les limites d’une appréciation quantitative du risque. Présenter l’importance de l’analyse de risque au niveau international et son utilisation dans l’élaboration et la conduite des politiques sanitaires au niveau français et communautaire. Utiliser les résultats d’appréciation du risque pour la gestion du risque. Utiliser les principes de la communication du risque. Réaliser une analyse critique d’une appréciation du risque qualitative ou quantitative. Développer des scénarios et des modèles dans le contexte d’appréciation du risque. Reconnaitre les approches déterministes et probabilistes dans le contexte d’appréciation du risque et présenter les avantages et inconvénients de chacune de ces approches Proposer des applications et des options de gestion en fonction des résultats d’une appréciation du risque. Communiquer les résultats d’une appréciation du risque. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Maison Alfort
Système d'information géographique 4 - UE7	4	20	20
Système d'information géographique 4 - UE7 ECTS : 4 Détail du volume horaire : Cours : 20 Travaux dirigés : 20 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Anne Lise Tran et autres intervenants du CIRAD. Déroulement et organisation pratique : Cours et TD organisé à Montpellier au CIRAD Baillarguet, au premier semestre. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Choisir les modes de représentation des résultats de l’épidémiosurveillance : ?représenter la distribution d’une maladie, ?représenter la distribution des activités d’élevage, ?représenter la distribution des moyens opérationnels. Produire des documents cartographiques d’aide à la décision : ?choisir les indicateurs épidémiologiques pertinents, ?réaliser une mise en forme adaptée. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Montpellier au CIRAD Baillarguet

Matières	ECTS	Cours	TD
Gestion de données appliquée à l'épidémiosurveillance 4 - UE6	3	15	15
Gestion de données appliquée à l'épidémiosurveillance 4 - UE6 Langues d’enseignement : FR ECTS : 3 Détail du volume horaire : Cours : 15 Travaux dirigés : 15 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Davis Charvenac, Anne Lise Tran et Pascal Hendrikx (CIRAD). Déroulement et organisation pratique : Enseignement cours et TD organisé à Montpellier au CIRAD Baillarguet. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Maîtriser les fonctions de base du logiciel Access pour la création d’une base de données : ?créer des tables, ?créer des relations entre des tables, ?créer des formulaires, ?créer des requêtes, ?créer des états, ?exporter des données vers d’autres logiciels. Concevoir une base de données : ?décrire les principes généraux de gestion des données en épidémiosurveillance, ?créer un modèle conceptuel des données, ?créer un modèle physique des données. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : Montpellier au CIRAD baillarguet
Méthodologie et outils de la surveillance épidémiologique - UE5	8	40	40
Méthodologie et outils de la surveillance épidémiologique - UE5 Langues d’enseignement : FR ECTS : 8 Détail du volume horaire : Cours : 40 Travaux dirigés : 40 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Equipe pédagogique : Barbara Dufour (ENVA), Pascal Hendrikx, Cécile Squarzoni et nombreux autres intervenants CIRAD. Déroulement et organisation pratique : Cours et TD à Montpellier au CIRAD au cours des 4 semaines les étudiants réalisent en groupe un projet de création d'une réseau de surveillance qu'il doivent soutenir en fin de module. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Concevoir et organiser un réseau d’épidémiosurveillance : - enjeux, objectifs et principes généraux au plan national et international, - partenaires à mobiliser - étapes successives de mise en place - structure institutionnelle, contextes réglementaires nationaux et internationaux - principes de l’assurance qualité - moyens nécessaires au fonctionnement Concevoir et mettre en place des actions d’épidémiosurveillance : - maladies prioritaires à mettre sous surveillance, - protocole de surveillance adapté au contexte - collecte des données sur le terrain , la circulation et le traitement des données, - indicateurs de performance de la surveillance. Concevoir un réseau de surveillance d’une maladie à transmission vectorielle : - notions spécifiques de la transmission vectorielle des maladies;caractéristiques des vecteurs biologiques, indicateurs de risque d’une maladie à transmission vectorielle, surveillance, lutte contre une maladie à transmission vectorielle. - Evaluer les risques d’émergence d’une épidémie/ epizootie en fonction des modes de transmission vectorielle, et des évolutions des biotopes. Concevoir, organiser et animer des actions de formation dans le cadre de la mise en place et du fonctionnement d’un réseau de surveillance épidémiologique Evaluer le fonctionnement d’un réseau d’épidémiosurveillance : - indicateurs de performance et de suivi - coûts - méthodes et dispositifs d’évaluation - critères de reconnaissance internationale de la qualité. Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Septembre - Octobre - Novembre - Décembre. Lieu(x) : CIRAD Montpellier

Stage obligatoire de 5 mois et demi dans une structure d'épidémiologie.

Matières	ECTS	Cours	TD	TP	Cours-TD	Cours-TP	TD-TP	A distance	Projet	Tutorat
Stage	30
Stage Langues d’enseignement : FR ECTS : 30 Modalités d'organisation et de suivi : Coordinateur : Déroulement et organisation pratique : 6 mois au deuxième semestre. Les étudiants doivent prendre part à un projet de recherche ou à une étude d'épidémiologie. il doivent rédiger un rapport devant être soutenue oralement (1 heure par étudiant) à la fin du Master. Objectifs pédagogiques visés : Contenu : Analyser (aspects positifs et négatifs) le fonctionnement d’un système de surveillance. Participer à une partie d’un travail de surveillance épidémiologique dans une équipe (exemple : traitement des données et analyse des résultats, évaluation du réseau, enquête d’investigation…). Prendre en charge de manière pertinente et efficace le travail épidémiologique confié par le maitre de stage. Mettre en œuvre de manière concrète et appliquée tout ou partie des objectifs d’apprentissage décrits pour la spécialité de ce master. Rendre compte du travail accompli pendant le stage (rapport écrit, soutenance orale, participation à publication éventuelle). Période(s) et lieu(x) d’enseignement : Période(s) : Février - Mars - Avril - Mai - Juin. Lieu(x) : Structures de recherche ou professionnelles en France et à l'étranger

Modalités de candidatures

Période(s) de candidatures pour la plateforme INCEPTION

Du 22/04/2024 au 30/05/2024

Pièces justificatives obligatoires pour la plateforme INCEPTION

Fiche de préinscription (site aaeema).
(http://aeema.vet-alfort.fr/index.php/enseignements/ces-master)
Lettre de motivation.
Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature.
Curriculum Vitae.
Descriptif détaillé et volume horaire des enseignements suivis depuis le début du cursus universitaire.

Pièces justificatives facultatives pour la plateforme INCEPTION

Proposition de stage.
Attestation de français (obligatoire pour les non francophones).
Dossier VAPP (obligatoire pour toutes les personnes demandant une validation des acquis pour accéder à la formation) https://www.universite-paris-saclay.fr/formation/formation-continue/validation-des-acquis-de-lexperience.
Fiche de choix de M2 (obligatoire pour les candidats inscrits en M1 à l'Université Paris-Saclay) à télécharger sur https://urlz.fr/i3Lo.
Document justificatif des candidats exilés ayant un statut de réfugié, protection subsidiaire ou protection temporaire en France ou à l’étranger (facultatif mais recommandé, un seul document à fournir) :
- Carte de séjour mention réfugié du pays du premier asile
- OU récépissé mention réfugié du pays du premier asile
- OU document du Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés reconnaissant le statut de réfugié
- OU récépissé mention réfugié délivré en France
- OU carte de séjour avec mention réfugié délivré en France
- OU document faisant état du statut de bénéficiaire de la protection subsidiaire en France ou à l’étranger.

Contact(s)

Responsable(s) de la formation

Elisabeth Delarocq-Astagneau - elisabeth.delarocque-astagneau@uvsq.fr

Julie RIVIERE - julie.riviere@vet-alfort.fr

Secrétariat pédagogique

Fares YOUBI - fares.youbi@universite-paris-saclay.fr